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提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

　　近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。

　　全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

　　统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

　　相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

　　该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

　　与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。

　　该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

东夏国南京城破城之门遗迹被发掘******

　　光明日报长春1月11日电 见习记者李层、记者任爽从吉林省文物考古研究所获悉，2020年度“全国十大考古新发现”之一——磨盘村山城遗址在被确认为东夏国南京城故址后，又在2022年度考古工作中有了新收获：元军攻进东夏国南京城破城之门遗迹被首次发掘，进一步印证了史料中当年此城被攻克的相关记载。

　　磨盘村山城遗址位于吉林省图们市长安镇磨盘村一处独立山体上，扼守延吉盆地最东缘，北、东、南三面被布尔哈通河环抱，地势险要，易守难攻。遗址自2013年以来由吉林省文物考古研究所进行考古发掘，发现早晚两期遗存。其中，晚期遗存即为东夏国南京城故址。

　　东夏国是13世纪中国东北地区一个割据政权。东夏国的南京城是其在金、元交替时期割据偏安、据险自守的要地。1233年，元军攻破南京城，继而平定东夏国土。至此，东夏灭亡，存国19年。

　　磨盘村山城遗址平面近阔叶形，可根据自然冲沟划分为东、南、西、北、中5个区，包含城门、角楼、城墙、房址、蓄水坑及大型建筑基址等遗迹。《元史》关于当年攻陷南京城有记载：（查剌）从国王军征万奴，围南京，城坚如立铁，查剌命偏将先警其东北，亲奋长槊大呼，登西南角，摧其飞橹，手斩陴卒数十人，大军乘之，遂克南京。由此对比各区城门遗迹，考古人员发现西区3号门址位于山城西南部，与史料相吻合，推定其为东夏国南京城破城之门。该门址在2022年度首次被发掘。

　　通过考古发掘，考古人员在西区3号门址发现了早晚两期门道。其中，晚期门道由黄沙土平铺，比早期门道高出1.26米，正中立置将军石，且在将军石南北两侧各有一块门枢础石，是东夏国南京城西门。

　　磨盘村山城遗址考古发掘领队苗诗钰补充：“经测量，门道宽约2米、残高2米多，门枢础石石孔直径约13厘米，推测西门不通马车、规模较小。加之西门地势陡峭。更多兵力可能会向规模较大、地势平坦的东门、北门等需要重兵布防的地方倾斜。”

　　西门西侧依山势修建了一处似瓮城的区域。苗诗钰说：“这一区域面积较大，约有2万多平方米，防御功能不如东门、北门等处严格意义上的瓮城。此外，还在西门内东北处发掘了一处房址。该房址距西门不到10米，面积不足20平方米，出土了东夏国一定数量的铁镞、礌石等武器。从房址位置、面积和出土遗物来看，此处应为城门值守士兵住所。”

　　苗诗钰分析：“山城如史料中记载‘城坚如立铁’。相比东、南、北三面环河，且主要门址处设有瓮城、布兵较多的坚固城防，西门虽借山险固守，但防御功能和力量略显不足。元军当年极有可能在考虑这些因素后，采取了‘先警其东北’和‘登西南角’这样声东击西的战术，并成功破城。”

　　在磨盘村山城遗址2022年度考古工作中，共清理遗迹9处、出土遗物642件，主要以陶器、陶质建筑构件、铁器为主。除发掘西门外，考古人员在中区24号房址中发现了保存基本完好的U形火炕，出土了陶砚台等可复原陶器10件和铁矛、石棋子等遗物。24号房址所在建筑群内多处小型房址和空台地间隔分布，说明每个房址都规划了相应的功能区。考古人员据此推断此建筑群为兵营。

　　《光明日报》（ 2023年01月12日 09版）

　　（文图：赵筱尘 巫邓炎）